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Situé à deux pas de la réserve naturelle de la tourbière de la Gruère, le Centre Nature Les Cerlatez est spécialisé dans l'éducation à l'environnement. Il propose des randonnées, des expositions, des cours et des animations, ainsi que des visites guidées du haut-marais d'importance national le plus grand du Canton du Jura. Le Centre Nature abrite également plusieurs salles d'exposition permanentes sur la faune et la flore de l'Arc jurassien. Actuellement, une exposition temporaire sur les grands prédateurs accueille les visiteurs.

La Fondation des Marais de Damphreux (FMD) s'engage pour la préservation des milieux humides de la Coeuvatte et de la Vendline en Ajoie. Propriétaire de nombreuses mares, étangs et prairies humides, elle s'investit énormément pour sauvegarder ces trésors biologiques. Ses travaux ont contribué au retour des cigognes en Ajoie ! La FMD est active également dans le domaine de la sensibilisation à l'environnement. Deux cabanes d'observation sont à disposition du public à Damphreux pour permettre l'observation des oiseaux sans provoquer de dérangement. Elle étend son activité sur internet, d'une part grâce à une webcam qui permet de suivre la nidification et le développement de jeunes cigognes et d'autre part à un géolocaliseur, qui accompagne l'une d'entre elles dans son périple entre la Suisse et Gibraltar !

Composé d'amis passionnés par la Chevêche d’Athéna, la plus petite chouette de notre région, le Collectif Chevêche observe la fluctuation des populations de cet oiseau en Ajoie. Il est actif dans la plantation d’arbres, la pose de nichoirs, l’aménagement du territoire et la sensibilisation des exploitants. La Chevêche recherche des vergers haute-tige et des pâturages extensifs autrefois bien présents en Suisse, mais devenus très rares aujourd’hui. Par ses actions de sensibilisation auprès des agriculteurs et des autorités, le collectif est parvenu à augmenter le nombre de couples nicheurs dans la région.

Au début des années 2000, seuls un reliquat d’une dizaine de couples étaient encore présents en Ajoie. En 2017 grâce aux actions menées, 57 territoires ont pu être recensés. Le collectif a récemment lancé le projet « Habitats de haute qualité », ouvert non seulement aux agriculteurs et aux communes, mais également aux particuliers. Le but est d'améliorer la qualité des habitats à Chevêche et favoriser leur expansion dans des vergers encore non habités. Aussi, si vous possédez un petit coin de verdure et que vous désirez l'aménager favorablement pour la Chevêche d’Athéna, prenez contact avec le Collectif Chevêche.

Le travail du WWF vise à léguer aux générations futures une planète où il fait bon vivre. C'est pour cette raison qu'il faut impérativement prendre dès aujourd'hui les bonnes décisions pour demain.

La section jurassienne du WWF s'engage pour préserver le Doubs et ses espèces, pour l'énergie et le climat, pour la biodiversité, pour une meilleure gestion des déchets, entre autres.

La société d'écologie et de protection des oiseaux de Delémont et environs (SEPOD) publie un programme d’activités deux fois par année. Ces activités ont pour but la découverte d’animaux (rapaces nocturnes, batraciens, chauves-souris, etc.) et de plantes (forêt en hiver, orchidées, etc.) de notre région ou d’ailleurs (bois de Finge, Fanel, Klingnau, etc.).

Elle possède également quelques réserves naturelles dans la vallée de Delémont dont elle gère l'entretien.